Сюжет разделяется на две линии. Согласно первой, из психиатрической больницы сбежали тяжелобольные, которые забрали с собой небуйного (в оригинале Нео). Главарь сбежавших выдаёт себя за лидера подполья Матвея Матвеевича (в оригинале Морфеус), командира бронепоезда «Клим Ворошилов».

Согласно Матвею Матвеевичу (вторая линия сюжета), мир находится в альтернативном 1947 году. Фашистской Германии удалось изменить ход Второй мировой войны благодаря изобретённому суперкомпьютеру с искусственным интеллектом.

Штирлиц в результате контузии потерял память и оказался в числе подключенных к вечному просмотру фильмов в концлагере, где заключенные крутят педали динамомашины. Разум Штирлица блуждает по виртуальной реальности. Там его находит лидер Сопротивления партизан Матвей Матвеич, по кличке «Шоколадный заяц». Для активизации памяти Штирлицу устраивают очную ставку с женой.

Тем временем, санитары (по мнению бежавших партизан — гестаповцы) пытаются внушить «гражданам Третьего рейха» и «борцам Сопротивления», что никаких русских партизан не существует: это просто кучка сумасшедших, сбежавших из дурдома и разъезжающих на украденной амбулаторной машине. Борьба с фашизмом тесно переплетается с употреблением расширяющих сознание наркотиков (красных пилюль). Жизнь Штирлица оказывается на волоске из-за ревности Плохиша, члена команды бронепоезда.