Поражение Хана и создание планеты Генезис стали очередным триумфом капитана Джеймса Т. Керка; но для него эти победы больше не имеют значения. Керк потерял одного из своих лучших друзей, Спока, который погиб, спасая «Энтерпрайз», и эта потеря невосполнима.

Одновременно с этим Керк близок к тому, чтобы потерять еще одного своего лучшего друга, Мак-Коя, который потерял рассудок.

Неожиданный визит Зарека, отца Спока, проясняет ситуацию и дает Керку надежду — Спок жив, и его разум в данный момент помещен в тело Мак-Коя. Чтобы помочь друзьям, Керк угоняет свой корабль, к тому времени уже предназначенный на слом, и нарушает установленный Федерацией карантин на планете Генезис, на которой работает научная экспедиция во главе с его сыном Дэвидом.

Но в это же время о существовании Генезиса узнают Клингоны, и их боевой корабль под управлением командира Крюге спешно направляется к планете Генезис. Их встреча неизбежна…